牙齒因嚴重外傷或嚴重蛀牙都有可能造成牙髓神經壞死或者受感染，對於受感染的牙髓組織牙科醫師會建議患者進行牙髓抽除，也就是所謂的抽神經，進行根管內的感染移除或者根尖組織的清除。顯微根管則是使用牙科顯微鏡輔助進行根管治療，讓醫師能在治療時更清晰看清根管內的狀況，牙髓根管猶如髮絲般細微，傳統顯微根管僅依靠肉眼，容易因空間狹小視野不佳造成多處死角，搭配顯微鏡時可將患處放大，並提供充足的光源使醫師視野清晰，療程過程中傷害的牙周組織也較少，提供根管治療的效果也降低周遭組織的破壞。
什麼情況患者會需要進行顯微根管呢？
1.齒裂：
患者對冷熱敏感，咀嚼硬物就感到牙齒疼痛，都有可能式平常養成的壞習慣造成牙齒斷裂，牙齒若瞬間受到過重的咬合力量，就有機會造成牙齒的裂痕，齒裂初期裂痕不一定會很明顯，但隨著日常飲食習慣裂痕會從齒面往牙髓腔內延伸，產生咬合疼痛、冷熱敏感等牙髓炎症狀，若齒裂發生在牙根時，醫師難以透過肉眼查出，就會仰賴顯微鏡的輔助，尋找問題的根本。
2.鈣化根管：
牙齒因蛀牙、冷熱、咬合過度、磨耗等等受到長期的刺激，牙髓組織會自然反射保護組織避免刺激物質的進入，引發根管鈣化使之變細，年紀增長、天生基因也都會造成牙根有不同程度的鈣化，傳統根管治療雖然也能治療根管鈣化，但因根管變得更細，因此醫師會建議透過顯微鏡的輔助治療，達到更有效率的清除也可避免根管治療的失敗。
3.牙根吸收：
牙根就像樹根一樣深埋在齒槽骨與牙齦組織內，牙根吸收就是指齒槽骨內的牙根被齒槽骨組織破壞、吸收，造成牙齒的牙根比牙冠小，牙齒的穩定度也會因此降低，嚴重時可能引起牙齒鬆動造成脫落，危害口腔健康與美觀，也有可能出現不可逆牙髓炎或牙髓壞死的情況，患者被迫進行根管治療，但因牙根吸收沒有明顯的症狀，以往僅透過X光片或斷層掃描找出問題，但偶爾因顯像與角度造成死角，故牙髓專科醫師常會使用牙科顯微鏡進行較準確的診斷。
4.根管穿孔：
根管不同部位的穿孔與大小對後續的根管治療皆有不同的影響，常見的根管穿孔可分為因預備過程中根管銼針未預先彎曲或過於粗大造成在彎曲根管、根管堵塞部位發生的根尖區根管壁側穿；好發於彎曲根管內側壁或凹陷處的根中部側穿擴大根管口時造成的根管冠部穿孔，以上狀況更需要嚴謹的細菌清除，透過顯微鏡良好的視野與足夠的光源輔助使用特殊填充醫材進行治療。
5.變異根管：
根管不正常的生長，例如根管的彎曲、C型根管、牙中牙等，這些狀況都是肉眼無法一眼看清，透過牙科顯微鏡可讓視野更清晰，牙髓清除的效果也會較佳。
6.嚴重蛀牙的細菌直達神經：
蛀牙嚴重時牙髓外露造成牙神經直接接觸外在的刺激，患者飲用冷熱水時會伴隨疼痛，嚴重時連睡眠中也會被疼痛驚醒，無論神經是否壞死或僅需清除，都須接受醫師的診治，口腔內的細菌會不斷滋生，也會順著患處入侵牙髓神經到達根尖位置，甚至沿著患處的血液循環到達全身，造成口腔以外的疾病。
無論是一般根管治療或顯微根管治療，目的都是清除口腔內部受感染的組織，透過顯微鏡放大患齒，使牙髓組織清除的成功率大幅提高，可避免二次根管的發生可能性。
